A、D、Jと室内にいる。誰かの家である。Dと児童ポルノについて話す。その間、僕は少女が映った何かのジャケット写真の右上と左上の空間に、ボールペンで対角線を書き込もうとしている。Jが「なぜ、何を書こうとしているのか」と尋ねてくるが、明確な理由は答えられない。
病院に行くが、受付は12時で終わっている。既に夕方である。外に出ると雨が降ってきている。損したな、と思いながら何か食べに行くことを考える。
コンビニに入る。通路が狭く、人とぶつかる。チョコチップクッキーが食べたいが置いていない。
巨大な兵器化された男の子になって、同じく兵器化された女の子と一緒に敵の飛行戦艦を攻略していく。横スクロールゲームのようである。敵の戦闘員を殺戮しながら進んでいく。
ふと、先導してくれるはずの味方がどこかに行ってしまい、独断で進むことになる。我々は巨大であるとはいえ、敵の攻撃を正面から受けると危険である。僕はチョコチップクッキーが食べたいと思うが、女の子は嫌な予感を感じたのか、打ち消す。しかし、結局チョコチップクッキーの自販機プログラムにある＜ｉ＞のボタン（infomationのボタン）を押してしまう。
すると、そこからウィルスプログラムが女の子に侵入し、女の子を機能停止させてしまう。これは女の子に元々ある回路の脆弱性を突いたもので、誰にでも効くウィルスというわけではない。女の子の内部システムが「はわわ～こわれちゃった～」というようなファンシーな自動音声を流す。それは残酷に響く。
女の子は敵に鹵獲されてしまう。女の子は手に何かを嵌められ「痛い、痛い」とうめいている。すると敵の女科学者が「その痛みについてもっと詳しく聞かせてほしい」と優しげに話しかける。そして「拷問のために」と付け加える。「知らなかった？ これ以上の革命はもはや望まれていないのよ……」と科学者は言う。どうやら敵は共産勢力だが、その内部で分裂が始まりつつあるらしい。女の子は指と指の間に大きなボルトのようなものを複数挟まされている。
男の子（碇シンジのようである）はなすすべなく隠れているが、敵のロケットが上空へ飛び立つ瞬間、敵戦闘員の一人をさらって下方向にダイブする。戦闘員から情報を聞き出すためにリスクを冒した形である。遥か眼下に街の風景が広がる中、自由落下していく。映画の見せ場シーンである。
敵戦闘員は骨のある男であり、ラピュタの空賊のような恰好で、紅の豚のような性格である。シンジが自分側の正義について語るのに対し、戦闘員は「こっちもこっちで考えてやっている」という旨の反論をする。が、最終的にはシンジを認め、情報をくれてやることにする。戦闘員が言うには「この計画はお前と遺伝子を共有していない人類の半数を見つけ出すことから始まった。その半数に対して憎しみが掻き立てられないことは無理だろうよ」云々。女の子とシンジは何らかの純粋な型の遺伝子を保持しており、敵はそれを欲しているようだ。
シンジは単身ロケットモードになって上空へ向かおうとするが、戦闘員も同行してやることにする。